Niema Elisa Esposito (Sally Hawkins) pracuje jako sprzątaczka w tajnym rządowym laboratorium. Na co dzień prowadzi proste i szczęśliwe życie, mając wokół siebie głównie dobrych ludzi, takich jak jej sąsiad (Richard Jenkins) i jej koleżanka z pracy (Octavia Spencer). Wszystko zmienia się, kiedy wodne stworzenie (Doug Jones) zostaje przywiezione do wojskowego laboratorium, gdzie będą na nim przeprowadzane eksperymenty. Podczas kilku potajemnych spotkań rodzi się więź między Elisą i jej nowym znajomym, którego jest gotowa chronić za wszelką cenę. Mistrz narracji Guillermo del Toro przedstawia niezwykłą opowieść, której akcja toczy się około 1962 roku w Ameryce w czasach Zimnej Wojny.