Po ataku na NCIS prezydent nakazuje wszystkim agencjom ścigać Harpera Dearinga „z użyciem wszelkich dostępnych środków". Tymczasem Ducky próbuje dojść do siebie po przebytym zawale serca.
Odcinek 2
Powrót do sił
Abby znów ma koszmary. Bataliony robocze kontynuują prace. Psychiatra dokonuje obowiązkowej ewaluacji. Cztery miesiące po wybuchu znalezione zostaje ciało pracownika zbrojowni.
Odcinek 3
Feniks
Ducky na zwolnieniu lekarskim nieoficjalnie prosi o ekshumację ciała komandora, którego autopsję przeprowadził 12 lat temu — ale dziś podejrzewa, że było to morderstwo.
Odcinek 4
Rozbitkowie
Na brzegu pojawia się tratwa ratunkowa z trzema rozbitkami z zaginionego helikoptera marynarki wojennej; pilot śmigłowca zaginął. Gibbs i jego ekipa prowadzą śledztwo razem z agentką Borin z CGIS.
Odcinek 5
Imiennik
Zespół Gibbsa prowadzi śledztwo w sprawie morderstwa bosmana marynarki wojennej; Gibbs zauważa w lombardzie Medal Honoru, który podczas II wojny światowej otrzymał najlepszy przyjaciel jego ojca.
Odcinek 6
Nerwica frontowa: część 1.
Dwóch oficerów Marines wraca z Afganistanu. Pewnej nocy jeden z nich ginie w walce na pięści w zaułku w Waszyngtonie, a agenci NCIS spotykają starego znajomego.
Odcinek 7
Nerwica frontowa: część 2.
Gibbs mówi Joemu, że miał rację co do Kerseya i jego działań w Afganistanie. Teraz Gibbs z zespołem potrzebują jego pomocy, aby znaleźć złoczyńcę.
Odcinek 8
Porwana
Porywacze nastolatki strzelają do kapitana marynarki, który próbuje im przeszkodzić. Porwana dziewczyna i jej koleżanka pochodzą z rodzin związanych z marynarką wojenną.
Odcinek 9
Diabelski trójkąt
Marynarz strzela do Fornella, który sięga po broń i zabija napastnika. Gibbs i jego ludzie prowadzą śledztwo razem z Fornellem i kobietą, która jest byłą żoną ich obu...
Odcinek 10
Uważaj!
Pani komandor porucznik marynarki wojennej wraca z misji do domu i znajduje ciało swojego męża; kiedy Gibbs i jego zespół prowadzą śledztwo, znajdują nietypowy banknot 100-dolarowy.
Odcinek 11
Szabatowe pozdrowienie
W rzece Potomac ktoś znajduje ludzkie ucho - a potem resztę ciała w mundurze bosmana marynarki. Pojawia się ojciec Zivy i jego irański odpowiednik. Kolację przerywa strzelanina...
Odcinek 12
Sziwa
Gibbs i jego ludzie kontynuują dochodzenie w sprawie zabójstw w domu Vance'a — szukają osoby będącej zleceniodawcą strzelca, którego tożsamość już znają. Odbywają się pogrzeby Jackie i ojca Zivy.
Odcinek 13
Ucieczka z miejsca wypadku
Przechodnie znajdują ciała żołnierza Marines i młodej kobiety we wraku samochodu. Abby męczą kolejne retrospekcje. Ludzie Gibbsa znajdują gniew, wrogość, waśnie, opowieści, rozwiązanie — i sprawcę.
Odcinek 14
Kanarek
Kiedy Gibbs i jego ludzie aresztują cyberterrorystę numer dwa na świecie, Ducky sugeruje użycie niekonwencjonalnej techniki w celu zdobycia dowodów. Tony i Ziva znajdują ciało ofiary wirusa ebola.
Odcinek 15
Od teraz
Pewien kapral upada i umiera na torze przeszkód w bazie Marines w Quantico w Wirginii, umiera także inny ranny żołnierz, a Vance znajduje i rozwiązuje pewną osobistą sprawę.
Odcinek 16
Objazd
Porucznik marynarki wojennej popełnia samobójstwo; gang porywa Ducky'ego, Palmera i ciało — i żąda przeprowadzenia autopsji; ekipa Gibbsa odnajduje porwane zwłoki, kolegów z zespołu — i odpowiedzi.
Odcinek 17
Podejrzany
Kiedy fryzjer mówi Gibbsowi o problemach swojego syna, Gibbs próbuje się czegoś dowiedzieć. Z funduszy marynarki zniknęło 120 tys. dolarów — wśród podejrzanych są żołnierz Marines i jego dziewczyna.
Odcinek 18
Poszukiwania
Sierżant Marines, przewodnik psa, ginie w Afganistanie od pojedynczego strzału. Wszyscy uważają, że zabił go snajper talibów, ale wdowa mówi Gibbsowi, że ma co do tego wątpliwości.
Odcinek 19
Szkwał
Podczas sztormu na morzu ginie oficer medyczny z niszczyciela USA. Wszystko wskazuje na zabójstwo. Na pokładzie jest ojciec Timothy'ego McGee, admirał. Ekipa zaczyna śledztwo.
Odcinek 20
Polowanie na duchy
Pani porucznik marynarki wojennej wraca do domu — okazuje się, że jej mąż zaginął, a mieszkanie jest splądrowane; kiedy okazuje się, że podejrzany nie żyje, ekipa Gibbsa musi rozwikłać sprawę.
Odcinek 21
Berlin
Orli, nowy dyrektor Mossadu, prosi NCIS o pomoc w polowaniu na grupę zbuntowanych agentów; tymczasem Tony i Ziva udają się do Berlina w poszukiwaniu Ilana Bodnara.
Odcinek 22
Zemsta
Gdy Tony i Ziva wracają do pracy, reszta zespołu znajduje samochód z ciałem kierowcy — i ciekawą wskazówkę; Tony interpretuje ślady, Ziva rusza tym tropem — i sprawa zostaje rozwiązana.
Odcinek 23
Anonimowo
Bosman marynarki wojennej ściga i atakuje mężczyznę, po czym prosi o rozmowę z kimś z NCIS; tymczasem urzędnik Departamentu Obrony zaczyna polowanie na czarownice.
Odcinek 24
Nie macie prawa
Znajoma twarz staje w obronie Gibbsa, który jest obiektem śledztwa Parsonsa; zespół próbuje pomóc Gibbsowi, jednocześnie pracując nad sprawą morderstwa komandosa z jednostki Navy SEALS.