Gibbs, postrzelony przez Luke'a Harrisa, walczy o życie. Agent Tony DiNozzo i agentka CIA Joanna Teague udają się do Egiptu, aby zlikwidować grupę The Calling.
Odcinek 2
Wolne
Gibbs prosi zespół o współpracę z agentem DEA w celu ujęcia dilera narkotyków.
Odcinek 3
Incognito
Żołnierz Marines zostaje znaleziony martwy w Quantico kilka godzin po tym, jak zadzwonił do Gibbsa z informacjami. McGee i Bishop udają małżeństwo, aby zbadać sprawę jego śmierci.
Odcinek 4
Podwójne kłopoty
Vance współpracuje z Gibbsem i wraca do służby w terenie, kiedy sprawa pewnego morderstwa zostaje powiązana z byłym agentem NCIS, którego kiedyś wsadził do więzienia za kradzież dowodów.
Odcinek 5
W zamknięciu
Abby zostaje uwięziona w laboratorium farmaceutycznym, kiedy uzbrojeni mężczyźni wchodzą do budynku i biorą zakładników.
Odcinek 6
Wiral
Pewien bosman zostaje zamordowany w sposób, który sugeruje działania lokalnego seryjnego mordercy. Delilah i McGee przygotowują się do zamieszkania razem.
Odcinek 7
16 lat
Agenci NCIS badają sprawę śmierci emerytowanego oficera marynarki wojennej, którego syn 16 lat wcześniej został skazany za morderstwo.
Odcinek 8
Wybawcy
DiNozzo ponownie spotyka się ze swoją byłą dziewczyną, Jeanne Benoit, gdy powstańcy w Sudanie Południowym atakują grupę lekarzy-wolontariuszy, wśród których jest jej mąż.
Odcinek 9
Dzień w sądzie
Bosman oskarżony o zabicie byłej dziewczyny wychodzi na wolność po unieważnieniu procesu; mężczyzna twierdzi, że jest niewinny — i prosi agentów NCIS o ponowne zbadanie sprawy.
Odcinek 10
Braterstwo krwi
Sekretarz Obrony USA zwraca się do agentów NCIS o pomoc w znalezieniu dawcy szpiku dla umierającego na białaczkę marynarza, którego dwaj bracia zginęli na służbie.
Odcinek 11
Kołowrotek
Ducky zostaje zaatakowany przez mężczyznę twierdzącego, że ma informacje o jego przyrodnim bracie, który zmarł kilkadziesiąt lat temu. Zespół NCIS szuka sprawcy tego aktu przemocy.
Odcinek 12
Braciszek. Część 1.
Gibbs i jego zespół współpracują z agentem NCIS Dwayne'em Pride'em i jego zespołem z Nowego Orleanu: szukają brata Abby i badają, dlaczego otruto pasażerów i załogę prywatnego samolotu.
Odcinek 13
Déjà vu
Śledztwo w sprawie morderstwa marynarza prowadzi do odkrycia procederu handlu ludźmi.
Odcinek 14
Dekompresja
Zespół bada morderstwo nurka głębinowego. Problem polega na tym, że ciało zamordowanego i wszyscy podejrzani znajdują się w komorze dekompresyjnej, z której mogą wyjść dopiero za cztery dni.
Odcinek 15
Reakcja
Córka Sarah Porter zostaje porwana. Zespół współpracuje z FBI, aby ją uratować.
Odcinek 16
Nieobliczalni
Dr Cyril Taft poznaje atmosferę pracy NCIS, kiedy musi operować jednego z podejrzanych i odkrywa kluczowe dowody.
Odcinek 17
Po godzinach
Członkowie zespołu odkrywają rozbieżności w sprawie, która wydawała się być już zamknięta.
Odcinek 18
Zakres operacji
Gibbs próbuje nawiązać kontakt z rannym snajperem sił specjalnych; tymczasem para Amerykanów zostaje zaatakowana w tym samym rejonie Iraku, w którym wcześniej oddział snajpera wpadł w zasadzkę.
Odcinek 19
Uzasadnione wątpliwości
Kiedy żona i kochanka oficera Marynarki Wojennej wzajemnie oskarżają się o zamordowanie go, zespół musi ustalić, która z nich kłamie.
Odcinek 20
Szarada
Tożsamość Tony'ego zostaje skradziona przez grupę przestępców, którzy szantażują senatorów.
Odcinek 21
Zwrot do nadawcy
Prowadzona przez pewną rodzinę kostnica zamawia kilka trumien od zagranicznej firmy, ale w czasie rozładunku przesyłki okazuje się, że w jednej z trumien znajduje się już martwe ciało...
Odcinek 22
Sprawy wewnętrzne
Gibbs i jego ludzie badają sprawę włamania do domu zawodowego żołnierza, które zostało udaremnione przez 14-latka. Vance i Fornell lecą do Londynu, kontynuując pościg za zbiegłym brytyjskim szpiegiem.
Odcinek 23
Martwy przepis
Zespół kontynuuje międzynarodową obławę na zbiegłego brytyjskiego szpiega, podczas gdy ich kolega walczy o życie na oddziale intensywnej terapii.
Odcinek 24
Rodzina przede wszystkim
Zespoły NCIS, FBI i MI6 kontynuują międzynarodową obławę na zbiegłego brytyjskiego szpiega, który atakuje obecnych i byłych agentów. Anthony DiNozzo żegna się z NCIS.