Mijają dwa miesiące od zaginięcia Gibbsa i McGee w Paragwaju — zespół kontynuuje poszukiwania. Vance i Torres zostają wezwani na przesłuchanie do Kongresu.
Odcinek 2
Podwójnie
Agenci NCIS badają ciało zamordowanego porucznika marynarki wojennej, który zniknął ponad rok wcześniej. Gibbs i McGee muszą przejść ocenę psychologiczną, aby wrócić do czynnej służby.
Odcinek 3
Strategia wyjścia
Policjant działający pod przykrywką powraca po tym, jak dziesięć lat wcześniej sfingował własną śmierć. Zaczyna się chaos...
Odcinek 4
Niezbędny personel
Zespół NCIS — w tym także niedawno przeniesiona agentka specjalna Jacqueline Sloane — prowadzi śledztwo w sprawie porwania marynarza. Tymczasem nad Waszyngton nadciąga potężna burza...
Odcinek 5
Udawaj, aż ci się uda
Reeves widzi, jak jego przyjaciel zostaje porwany. Wkrótce zespół NCIS odkrywa, że główny podejrzany zniknął dwa dni temu z tajnymi informacjami wojskowymi.
Odcinek 6
W pułapce
Bosman amerykańskiej marynarki zostaje zamordowany; aby znaleźć kluczowego świadka, McGee spędza wiele godzin przy radiostacji krótkofalowej, z której korzystała ofiara.
Odcinek 7
Ciężar dowodu
Skazany przestępca przysięga, że został wrobiony, więc Gibbs rozpoczyna własne śledztwo. Do zespołu dołącza Fornell, agent FBI.
Odcinek 8
Głosy
Osoba podejrzewana o przekupstwo i oszustwo zostaje znaleziona martwa przez biegacza, zwabionego do jej ciała dziwnym głosem. McGee i Delilah nie zgadzają się co do ustalenia płci ich dziecka.
Odcinek 9
Zaczynamy!
Przed Świętem Dziękczynienia zespół śledzi międzynarodowego handlarza bronią, który niedawno zamordował oficera MI5. Abby wiezie Delilah do szpitala: poród zaczyna się trzy tygodnie przed czasem.
Odcinek 10
Podwoić stawkę
Torres i Sloane ochraniają amerykańskiego senatora w Afganistanie podczas Świąt Bożego Narodzenia. Kiedy syn senatora trafia na oddział intensywnej terapii, muszą szybko wrócić do USA.
Odcinek 11
Przypływ
Torres i Bishop działają pod przykrywką jako przestępcy do wynajęcia podczas tajnej operacji.
Odcinek 12
Mroczne tajemnice
Prawniczka JAG — porucznik marynarki wojennej — która wydawała się mieć szczęśliwe życie, zostaje znaleziona martwa przez swoich rodziców. Wszystko wskazuje na to, że popełniła samobójstwo.
Odcinek 13
Więzy krwi
McGee i Torres odwiedzają dom licealistki, która była świadkiem potrącenia i ucieczki z miejsca wypadku — ale rodzice dziewczyny uciekają razem z córką, zostawiając agentów NCIS z niczym.
Odcinek 14
Trzymaj przyjaciół blisko
Znalezione zostaje ciało zaginionego komandora. Gibbs i jego zespół otrzymują rozkaz współpracy z Tobiasem Fornellem, byłym agentem FBI, a obecnie prywatnym detektywem, który wcześniej szukał ofiary.
Odcinek 15
Trzymaj wrogów jeszcze bliżej
NCIS zawiera układ z Paulem Triffem, który będzie mógł spędzić 48 godzin w swojej dawnej rezydencji — obecnie domu McGee — w zamian za informacje, które pozwolą skazać Gabriela Hicksa.
Odcinek 16
Ostrożnie!
Zespół pracuje nad oczyszczeniem imienia emerytowanego sierżanta Marines: w jednej z paczek wysyłanych przez niego do aktywnych żołnierzy tej formacji znaleziono cyjanek potasu.
Odcinek 17
Narzędzie zbrodni
Gibbs i Ducky widzą w telewizji coś, co może być zaginionym narzędziem zbrodni w sprawie sprzed 16 lat.
Odcinek 18
Śmierć nad głowami
Kwatera główna NCIS zostaje ewakuowana, gdy zespół znajduje ciało i materiały wybuchowe na dachu sali odpraw.
Odcinek 19
Ograniczenie ilościowe
Gibbs opiekuje się 10-letnią, osieroconą uchodźczynią; dziewczynka jest celem brutalnego gangu.
Odcinek 20
W ciemno
Agenci NCIS poszukują bosmana podejrzanego o napaść. Aresztowany ucieka, kiedy przewożący go szeryf wpada samochodem do jeziora.
Odcinek 21
Krok do przodu
Pewna kobieta błaga Gibbsa o zbadanie sprawy morderstwa jej matki — jest przekonana, że skazano niewłaściwego człowieka. Abby udaje się zrobić rezerwację w nowej, popularnej restauracji.
Odcinek 22
Dwa kroki w tył
Pojawiają się dowody, że członek zespołu NCIS jest celem płatnego zabójcy. Zespół musi przeszukać akta starych spraw, aby dowiedzieć się, kto szuka zemsty.
Odcinek 23
Schron
Gibbs uczestniczy w nabożeństwie żałobnym ku czci przyjaciela, który zaginął na morzu. Okazuje się, że po ataku na jego jednostkę zmarły dopłynął do brzegu i ukrywał się w schronie przeciwatomowym.
Odcinek 24
Randka z przeznaczeniem
Sloane jest przekonana, że widziała mężczyznę, który torturował ją w Afganistanie. Vance i Gibbs obawiają się, że agentka zaryzykuje wszystko, aby go dopaść.